היה הבן האמצעי במשפחה שגרה בעיר קאליש.
כשפרצה מלחמת העולם השנייה בשנת 1939, הגרמנים נכנסו לעיר וסיפחו אותה לגרמניה. היהודים נשלחו ברכבות מזרחה,
לאזור שכבר נשלט באותו זמן ע"י הגרמנים. במשלוח השלישי גורשה גם משפחת נפרסטק והגיעה לבסוף ללז'נסק. שם שכרו עגלה שתוביל אותם לגבול הרוסי. כשהגיעו לגבול שילמו טבין ותקילין לכפריים שיעזרו להם לגנוב את הגבול. בטרם האיר הבוקר שמואל הלך ראשון כדי לעבור את הנחל, אבל החליק על הקרש ששימש בתור גשר, ונפל למים הקפואים. אחיו הבכור יהודה, חש להצילו, ובסופו של דבר, עברו כולם לצד הרוסי.
הם הגיעו ללבוב, שכבר היתה בידי הרוסים, שוהו שם כחודשיים במועדון יהודי. הפליטים היו רבים ואי אפשר היה למצוא עבודה. היו משרדים לסידור עבודה, שהמליצו לנסוע לאיזורים שונים ברוסיה. המשפחה נסעה לאוריול ממערב למוסקבה ושם מצאו האב ושני הבנים הבוגרים עבודה בקואופרטיב של חייטים בעיירה שסנסקייה בפלך אוריול. בעיירה זו היה שדה תעופה צבאי מצד אחד ובו היו מגורי הצבא הסגל והעובדים. מצד שני, היתה העיירה האזרחית שבה התגוררה המשפחה.
כיוון שהאב, דוד נפרסטק, היה חייט מעולה, הוא נהנה מיחסם האוהד של הקצינים הרוסיים. והמשפחה אף זכתה לטיפול רפואי מידי הרופאים הצבאיים.
בשנת 1941 כשהגרמנים פתחו במלחמה נגד ברית המועצות, בת בריתם עד כה, וחזית המלחמה התקרבה לעיירה, נאלצה המשפחה לברוח מזרחה. מזג האוויר נעשה קר, כי החורף קרב ולמשפחה לא היה ציוד למזג אוויר כזה ולכן היעד היה דרומה, לאזורים היותר חמים. עם גל הפליטים הגדול הגיעה גם המשפחה לטשקנט באוזבקיסטן אבל בגלל חוסר האפשרות למצוא עבודה המשיכה המשפחה לנדוד עוד, עד העיר קורגן-טיובה בקרבת גבול אפגניסטן.
באותו חורף גוייס האח יהודה, בהיותו בן 20, לעבודה בסיביר בעיר נובוסיבירסק. שנה אחר כך גוייס גם שמואל לעבודה במכרות בסיביר.
שמואל ערק מן המכרות והגיע אל אחיו, אך לא היה יכול להישאר אצלו כי השלטונות חיפשו עריקים. שמואל רצה להגיע אל המשפחה בקורגן טיובה, בדרך נתפס, אבל שוב ערק ואיכשהו הצליח להסתדר בעבודה בקואופרטיב של חייטים בעיר אומסק
במשך התקופה הזאת היה קשר מכתבים בין בני המשפחה.
בשנת 1943, עדיין בזמן המלחמה, נפטר אבי המשפחה ובשנת 1944 הגיע שמואל לקורגן טיובה אל משפחתו.
בשנת 1946, אחרי המלחמה, חזרו האם ושני בניה לפולניה לעיר שטטין, שם הצטרף אליהם יהודה שחזר מסיביר.
שמואל היה בחור בעל יזמה ותושייה. בהיותם בשטטין החליט לחפש מי מקרובי המשפחה נשאר בחיים, והוא אמנם מצא קרובים, שהיגרו תוך זמן קצר לצרפת. בשטטין כבר היו באותו זמן ארגונים יהודיים ציוניים, שארגנו את היהודים לעליה לארץ ישראל. שמואל החליט, שהוא עושה הכל, כדי להגיע ארצה ועזב את המשפחה, מבלי שהוא או הם ידעו מתי והיכן יפגשו.
באותו חורף של שנת 1946, החליטו האם והבנים לעזוב את פולניה. הם הגיעו למחנה עקורים, שבניהול הג'וינט, בזלצבורג שבאוסטריה. נודע להם שבזלצבורג יש עוד מחנה בשם "בית ביאליק" ודב, האח הצעיר, החליט לבקר בו ולגמרי במקרה פגש את שמואל כשהוא משקה גינה במחנה זה, שבו עבד כשומר. המשפחה התאחדה במחנה שבו היה שמואל והשמחה היתה גדולה. אבל מייד לאחר ההכרזה על הקמת המדינה, באביב 1948, התארגנה קבוצת צעירים ובינהם שמואל להתגייס ל"הגנה" ולעלות ארצה.
המשפחה לא ידעה מה עבר על שמואל בפרק זמן זה ובינתיים חיפש גם האח הצעיר, דב, דרכים לעלייה. ביוני 1948, לאחר הרפתקאות בגניבת הגבול לאיטליה, הוא הגיע לארץ וגוייס לפלמ"ח לגדוד השלישי.
באותה תקופה, שלאחר השואה, היתה פסיכוזה של חיפוש קרובים. משפחת נפרסטק ידעה, עוד בהיותה בפולניה טרם המלחמה, שיש לה קרובים בתל אביב. גם שמואל וגם דב יצרו איתה קשר. כך נודע להם האחד על אחיו.
שמואל גם הוא היה בפלמ"ח בגדוד "הפורצים" (הגדוד הרביעי) ודרך קשר מכתבים נדברו בינהם האחים להיפגש בתל אביב בבית משפחת הקרובים.
אחרי מבצע יואב, קיבל דב חופשה והגיע למקום המפגש, שם נודע לו, ששמואל נפל בקרב על בית ג'מאל ונקבר בקרית-ענבים.
הבנים החליטו שלא לגלות לאם על האסון כל עוד היא בחו"ל ורק בבואה ארצה בשנת 1949 נודע לה הדבר.
שמואל הצטיין ללא ספק באומץ לב ובכושר ארגון וכפי שספרו חבריו, היה בחור עליז ואוהב חברותא וגם חבריו אהבוהו.
נכתב על ידי אחיו דב בן דוד (נפרסטק)